所有具有功能障碍的疾病都是需要康复的，大体分类如下：
1、一般是神经系统疾病的康复，对于康复医学科来说较重要。神经系统疾病最常见的疾病就是脑卒中、脑肿瘤、脑外伤，还有脊髓损伤、小儿脑瘫、帕金森病、周围神经损伤。周围神经损伤比如周围性面瘫是周围性面神经的损伤；
2、骨关节系统病变，比如骨关节系统的退行性变，骨折、骨关节损伤、颞下颌关节紊乱病、脊柱疾患，像颈椎病、腰椎间盘突出，还有肩周炎、小儿麻痹后遗症等；
3、慢性疼痛的康复，像颈肩腰腿痛，癌症的疼痛康复；
4、心肺康复，这几年也是热门，它包括高血压、冠心病、慢性阻塞性肺病、肺炎等疾病的康复；
5、精神疾患康复，尤其是精神疾病的康复，像老年痴呆和自闭症患者的康复；
6、特殊疾病的康复，像睡眠障碍患者的康复，而男科康复主要是针对阳痿、早泄，重症康复则是深入到ICU和其他科的重症患者的床边进行治疗。产后的盆底康复，还有乳腺炎，阻塞性乳腺炎等疾病的康复。此外还有烧伤患者的疤痕等疾病的康复。风湿系统疾病，像类风湿性关节炎，还有强直性脊柱炎这些患者，其疼痛和关节功能障碍也需要康复治疗。